على الرغم من الإيجابيات الكثيرة لاستراتيجيات الصف المقلوب بالنسبة للطالب، والمعلم، وولي الأمر، إلا أن بعض التقارير أظهرت بعض التحديات التي تواجه المعلمين وتعيقهم أو تقلل من حماسهم لتطبيق هذه الاستراتيجسة وفي ما يلي ملخص لأهم هذه التحديات من وجهة نظر المعلمين أنفسهم:

التقليل من أهمية المعلم، حيث قللت هذه الاستراتيجية أدواره، لكن أن الغالبية العظمى من المعلمين يرون أن أدوار المعلم تغيرت فقط. فبعد أن كانت أدواره تتمحور في إلقاء المحاضرات، واختبار الطلبة، وتصحيح أوراق الإجابات، أصبحت له أدوار جديدة تتمثل في إعداد مقاطع الفيديو وفق تقنيات عالية، وبمؤثرات تساعد على جذب انتباه الطالب، بالإضافة إلى إعداد الأنشطة التي تحفز التفكير الناقد وتنمي الإبداع بالإضافة إلى أنشطة التعلم النشط التي تجعل من الصف بيئة نشطة وصحية بعيداً عن أجواء الملل والتوتر لدى الكثير من الطلبة، هذا بالإضافة إلى تطبيق مهارات التفكير العليا مثل التفكير الناقد والتفكير الإبداعي.
مشكلة البنية التحتية والاتصالات، حيث أن أغلب الطلبة لا يملكون اتصالا بشبكة الإنترنت، حيث تعاني العديد من المناطق والدول من مشاكل البنية التحتية وضعف شبكات الاتصال بل وغلاء باقات الاشتراك في الإنترنت وخاصة في الدول النامية. ومن الحلول المقترحة حول هذا الموضوع هو إعداد مقاطع الفيديو مسبقاً وإعطاؤها للطلبة على شكل ملف متكامل، بحيث يخبرهم بالفيديو الذي سيشاهدونه في اليوم التالي. ويستطيع المعلم أن يعد الفيديوهات أسبوعياً أو شهرياً أو يمكن أن يعدها لفصل كامل ثم يوزعها على الطلبة في أقراص التخزين لكل طالب، هذا بالإضافة إلى إمكانية تنزيلها على شبكة الإنترنت.
لا يفضل الطلبة الجلوس في المنزل أمام شاشات الكمبيوتر لمشاهدة الفيديو الذي أعده المعلم، بل يفضلون الخروج للنادي أو مع أصدقائهم. وبالنسبة لهذا التحدي، فهذا يعتمد على مقدار التشويق والإثارة المتوفرة في مقطع الفيديو عينه. كما أن من مميزات استراتيجية الصف المقلوب أن الطالب يستطيع مشاهدة الفيديوهات في أي مكان وأي وقت.
لا يوجد أي إثبات أن الطالب شاهد الفيديوهات في المنزل. وندرج هنا مجموعة من الحلول المقترحة، حيث بإمكان المعلم إيجاد بعض الطرق التي تجبر الطالب على مشاهدة مقاطع الفيديو الخاصة بالدروس، ومنها وجود سؤال في نهاية الفيديو، ويقوم الطلبة بإرسال إجابتهم للمعلم على شكل رسالة نصية أو عن طريق البريد الإلكتروني، بحيث يكرم المعلم الطالب الحاصل على أعلى رصيد من الإجابات الصحيحة، كما يقوم المعلم بإعداد سجل لكل طالب يسمى سجل التحضير اليومي، بحيث يسجل الطالب فيه أهم الأفكار الواردة في الفيديو والأسئلة والاستفسارات التي واجهته أثناء مشاهدته، ويقوم الطالب بالكتابة في السجل بالتزامن مع مشاهدته للمقطع. ومن المقترحات لحل هذه الإشكالية قيام المعلم في بداية كل حصة بإعطاء الطلبة سؤال قصير (quiz)، ويمكن أن يسميه بالواجب الصفي، يقيس من خلاله مصداقية متابعة الطلبة للفيديو، والتصورات البديلة التي لديهم والصعوبات التي واجهتهم في أثناء مشاهدتهم للمقطع.
لا يجد المعلم الوقت الكافي لإعداد الفيديو وإعداد الأنشطة المرافقة والتجهيز للتجارب في نفس الوقت. وهنا نضرب مثالا على تجربة مبتكرا استراتيجية الصف المقلوب جوناثان بريجمان وارسون سام، حيث كانا يتقاسمان الأدوار بينهما، فأحدهما كان يقوم بإعداد الأفلام والآخر كان يقوم بإعداد الأنشطة والإعداد للتجارب. حيث أن تطبيق هذه الاستراتيجية هو للصفوف التي يدرسانها كافة. كما أن هناك الكثير من المواقع التي توفر مقاطع الفيديو الجاهزة مثل أكاديمية خان.
نقص الخبرة اللازمة للمعلمين لإعداد مقاطع الفيديو الخاصة بالدروس، لعدم معرفتهم بكيفية تصميم الدرس باستخدام برامج إنجاز و تحرير الفيديو. وبالنسبة لهذا التحدي فيمكن الاستعانة بمعلم الحاسوب في المدرسة لتدريب المعلمين على أحد البرامج البسيطة، ومن اشهرها برنامج كمتازيا ( Camtasia)، وبرنامج صانع الأفلام (Movie Maker) ويتميز هذان البرنامجان بالبساطة ويمكن تعلمهم في وقت قصير جداً.